Nguyên nhân của EHS là không rõ, nhưng một số giả thuyết đã được đưa ra. Lý thuyết phổ biến nhất về nguyên nhân của EHS là rối loạn chức năng của sự hình thành lưới trong não bộ chịu trách nhiệm chuyển tiếp giữa quá trình thức dậy và ngủ.

Các lý thuyết khác chỉ ra nguyên nhân của EHS bao gồm:

• Co giật nhẹ ảnh hưởng đến thùy thái dương 
• Rối loạn chức năng của tai, bao gồm những thay đổi đột ngột ở thành phần tai giữa hoặc ống Eustachian.
• Căng thẳng và lo lắng 
• Biến đổi và ngủ bị gián đoạn, kết hợp với sự sụt giảm trong giấc ngủ/
• Hội chứng ngưng thuốc chống trầm cảm 
• Can thiệp kênh calci tạm thời.